《省港旗兵2：兵分两路》讲述为了打击不断增加的犯罪活动，内地警方根据香港政府的要求，派遣了向东、京生、郭学军三名警员以偷渡客的身份前往港岛。在香港，他们受到香港警署程Sir的直接领导，本地探员大大的协助。他们渗入内地犯罪团伙，惩治了烂仔小兴，击毙了江家四兄弟，行动果断，手段狠辣。然而，他们的作风并不受程Sir欣赏，同时，江家兄弟的死引发黑帮的报复行动，导致了大大的牺牲。在京生的战友阿虎的邀请下，三人假装加入了银行抢劫团伙，暗中与警方合作，计划将抢劫团伙一网打尽。然而就在行动前夕，突发意外……